#!/usr/bin/perl -w

# usage : perl sm_gaytk_1.pl <BAM file>  <FASTA file> 
#sarah maman - 23/04/2013

use strict;
use File::Basename;



my $input_fasta       = $ARGV[0];



#if ($vcf eq "NO"){
#open(FILE,">${input_bam}_empty.vcf") or die "Unable to open file ${input_bam}_empty.vcf";
#print FILE "##fileformat=VCFv4.1\n#CHROM\tPOS\tID\tREF\tALT\tQUAL\tFILTER\tINFO\tFORMAT\tG1";
#}



#pour eviter que la commande ne fonctionne plus si le $PATH est perdu suite a un restart de galaxy
my $SAMTOOLS = '/usr/local/bioinfo/bin/samtools';
my $cmd = '';
my $GATK = '/usr/local/bioinfo/src/galaxy-dev/galaxy-dist/tool-data/shared/jars/GenomeAnalysisTK.jar';
my $addRG = '/usr/local/bioinfo/src/galaxy-dev/galaxy-dist/tool-data/shared/jars/AddOrReplaceReadGroups.jar';
my $DUPLICATES ='/usr/local/bioinfo/src/galaxy-dev/galaxy-dist/tool-data/shared/jars/MarkDuplicates.jar';
my $DICT ='/usr/local/bioinfo/src/galaxy-dev/galaxy-dist/tool-data/shared/jars/CreateSequenceDictionary.jar';


####################################################################
# ETAPE 4 : Création du fichier dictionnaire du fasta
#
# Input :   fichier FASTA
# Output :  fichier FASTA.dict
####################################################################
#java -jar -Xmx4G /usr/local/bioinfo/src/picard-tools/current/CreateSequenceDictionary.jar R=NC_012125.1.fasta O=NC_012125.1.dict


#Recuperer le nom du chromosome pour nommer le dictionnaire , puis generer ce dictionnaire a la racine du work galaxy
my $input_basename=basename($input_fasta,'.fasta'); 
my $input_dict_file="/work/galaxy-dev/${input_basename}.dict"; 

if (! -e "$input_dict_file"){
system ("(java -jar -Xmx4G $DICT R=$input_fasta O=$input_dict_file) >& ./gatk4.log 2>&1");}

#copier le dictionnaire de la racine vers le repertoire de travail
my $workdir = dirname($input_bam); #TODO : bien nommer le BAM en cours d'utilisation
#Apres la commande java de creation du dictionnaire
`cp -a $input_dict_file $workdir/.`; #TODO : copie (seulement, pas cmde java) a faire dans chaque module GATK



#print "java -jar -Xmx4G $DICT R=$input_fasta O=$input_dict_file";

#Tests
#perl dict.pl NC_012125.1.fasta

