#!/usr/bin/perl -w

# usage : perl sm_compress.pl <input_compressed> <extension> <uncompressed_file>
# 25/10/2013


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# but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
# MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
# GNU General Public License for more details.
# 
# You should have received a copy of the GNU General Public License
# along with this program.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
#

use strict;
use File::Basename;

my $input_compressed  = $ARGV[0];
my $extension         = $ARGV[1];
my $dotext            = $ARGV[2];
my $output_uncomp     = $ARGV[3];

my $myfile = ${input_compressed}.".".$dotext.".".$extension ;
`cp $input_compressed $myfile`;

if ($extension eq "tar"){
#Tar: les données sous ce format portent l'extension .tar, pour décompresser ce type de données il faut taper en ligne de commande:
#tar xvf nom_du_fichier.tar
#mv file.dat file.extension
#
`tar xvf $myfile;`;
print STDOUT "Your commande line : tar xvf $myfile; \n\n ";
}
if ($extension eq "gz"){
#Gzip: les fichiers compressées en Gzip possèdent l'extension .gz, pour décompresser ces fichiers il faut taper en ligne de commande:
#gunzipgunzip nom_du_fichier.gz
`gunzip $myfile;`;
print STDOUT "Your commande line : gunzip $myfile; \n\n ";
}
if ($extension eq "bzip2"){
#Bzip2: les fichiers compressées en Bzip2 possèdent l'extension .bz2, pour décompresser ces fichiers il faut taper en ligne de commande:
#bzip2 -d nom_du_fichier.bz2
`bzip2 -d $myfile;`;
print STDOUT "Your commande line : bzip2 -d $myfile; \n\n ";
}
if ($extension eq ".tar.gz"){
#Tar/GZip (on parle généralement de Tarball): les données compressées en TAR et en GZIP portent l'extension .tar.gz
#tar zxvf nom_du_fichier.tar.gz
`tar zxvf $myfile;`;
print STDOUT "Your commande line : tar zxvf $myfile; \n\n ";
}
if ($extension eq ".tar.bz2"){
#Tar/BZip2: les données compressées en Tar et en Bz2 portent l'extension .tar.bz2
#tar jxvf nom_du_fichier.tar.bz2
`tar jxvf $myfile;`;
print STDOUT "Your commande line : tar jxvf $myfile; \n\n ";
}

#Recuperation des fichiers par Galaxy
my $file=glob("$input_compressed*$dotext"); 
if (! -e "$file"){print STDERR "Decompressed file not found. \n";}else{`cp -a $file $output_uncomp`;}
