# http://chrisduran.eu/bioinformatics/linux-and-osx-commands-for-working-with-fasta-files/ (super site pour le traitement des sequences avec shell
# Donne la taille de la sequence contenu dans le input file
# je veux y associer la librairie et le nom du contig qui sont contenues dans le nom du fichier et ecrire le tout dans un fichier
# je peux travailler a partir du sous repertoire contenant les VN.fasta

my $path="/home/slaguerr/work/Formation/Pyrocleaner/ContigsVN";
#my $path="/home/slaguerr/work/Formation/RunAssembly/ContigsVN";

open (SEQLENGTH,">$path/SeqLength.txt") or die ("$path/SeqLength.txt ne peut pas s ouvrir");
@files = <$path/*VN.fasta>;
foreach $file (@files) {
	$length=`grep -v ">" $file | tr -d [:space:] | wc -c`;
	chomp($length);
	print SEQLENGTH "$file\t $length \n";
} 
close (SEQLENGTH);
