
# Cree un programme prov pour renommer les fichiers crees par le sequencage et les deplacer dans les sous repertoire
# le programme shell prov doit ensuite etre lance

`ls > provi`;

open (PROVI,provi) or die "provi ne peut pas s ouvrir";
open (PROV,">prov") or die "prov n a pas pu s ouvrir correctement."; 
while (defined($ligne = <PROVI>)) {
	chomp($ligne);
	if ($ligne =~ /454Reads/) {
		$newLigne = $ligne;
		$newLigne =~ s/454Reads\.MISE-367/.\/RL3\/MISE9\.RL3/g;
		$newLigne =~ s/454Reads\.MISE-368/.\/RL4\/MISE9\.RL4/g;
		$newLigne =~ s/454Reads\.MISE-369/.\/RL5\/MISE9\.RL5/g;
		$newLigne =~ s/454Reads\.MISE-370/.\/RL6\/MISE9\.RL6/g;
		$newLigne =~ s/454Reads\.MISE-372/.\/RL7\/MISE9\.RL7/g;
		$newLigne =~ s/454Reads\.MISE-425/.\/RL9\/MISE9\.RL9/g;
		$newLigne =~ s/454Reads\.MISE-2/.\/RL1\/MISE9\.RL1/g;
		$newLigne =~ s/454Reads\.MISE-3/.\/RL2\/MISE9\.RL2/g;
		$newLigne =~ s/454Reads\.MISE-4/.\/RL8\/MISE9\.RL8/g;
		$newLigne =~ s/454Reads\.MISE-5/.\/RL10\/MISE9\.RL10/g;
		$newLigne =~ s/454Reads\.MISE-6/.\/RL11\/MISE9\.RL11/g;
		$newLigne =~ s/454Reads\.MISE-9/.\/RL12\/MISE9\.RL12/g;
		$lig = "mv $ligne $newLigne\n";
		print PROV $lig;
	}
	
} # Fin while
close (PROVI);
close (PROV);
	
