#! /usr/bin/perl -w

use strict;

my $listeContig = $ARGV[0];
my $allContigsFile = $ARGV[1];


#smaman : suppression des chemins !! (3 lignes)
#my ($path1,$path2,$path3,$path4,$path5,$path6,$lib,$path8) = split(/\//,$allContigsFile);
#my $path="/$path2/$path3/$path4/$path5/$path6/$lib";
#my ($project,$poub)=split(/\./,$path8);



# Déclaration des variables
my @tableau = ();
my $tableau = '';
my @newtableau = ();
my $newtableau = '';
my $newNbelement = '';
my $ligne = '';
my $lin = '';
my $line = '';
my $li = '';
my $overlap = '';
my $garderLigneSuivante = 0;
my $allContigsFileOneLine = $allContigsFile.".oneline";
my @ContigNames =();



# Creation d un tableau qui contient la liste des contigs selectionnes pour pouvoir boucler dessus par la suite

open (LISTECONTIG,$listeContig) or die ("$listeContig ne peut pas s ouvrir");
while (defined($ligne = <LISTECONTIG>)) {
	chomp($ligne);
	print "$ligne\n";
	if ($ligne =~ /^[Cc]ontig/) {
		#my ($ContigName,$poub) = split(/\t/,$ligne);
                my $ContigName = split(/\t/,$ligne);
		push(@ContigNames,$ContigName);
	}
} # Fin while
close (LISTECONTIG);
	



# Mise des sequences du fichier de sortie de cross_match sur une seule ligne
`perl sequence_line.pl $allContigsFile $allContigsFileOneLine`;

#Boucle sur les contigs avec creation d un fichier contenant la sequence de chaque contig retenu et uniquement celle la
foreach my $element (@ContigNames) {
	
	#my $contigNb = substr($element,6);
        my $contigNb = $ARGV[2];
	#my $avfasta = "$path/$project.$lib."."C".$contigNb."AV.fasta";
        my $avfasta = "C".$contigNb."AV.fasta";

	open (ALLCONT,"$allContigsFileOneLine")or die "$allContigsFileOneLine n a pas pu s ouvrir correctement.";
	open (AVFASTA,">$avfasta") or die "$avfasta n a pas pu s ouvrir correctement."; 
	
	# Parcours du fichier contenant tous les contigs avec vecteur pour retenir le contig selectionne : creation du fichier AV.fasta
	while(defined($lin = <ALLCONT>)) {
		chomp($lin);
		if ($lin =~ /^>[Cc]ontig$contigNb/) {
			#print AVFASTA ">$project.$lib."."C".$contigNb."\n";
                        print AVFASTA ">C".$contigNb."\n";
			$garderLigneSuivante=1;
		}
		elsif ($garderLigneSuivante==1) {
			print AVFASTA "$lin";
			$garderLigneSuivante=0;
		}
	} # Fin boucle sur le parcours du fichier de tous les contigs
	#Fermeture des fichiers	
	close (ALLCONT);				
	close (AVFASTA);
			
} #Fin de la boucle foreach sur tous les contigs
		

