#! /usr/bin/perl -w

use strict;

my $file = $ARGV[0]; 
my $outfile = $ARGV[1]; 

#Ouverture des fichiers correspondants
open (FILE,$file) or die "$file n'a pas pu s'ouvrir correctement."; #Ouverture du fichier de séquences Fasta ou message d'erreur
open (OUTFILE,">$outfile") or die "$outfile n'a pas pu s'ouvrir correctement."; #Ouverture du fichier de séquences Fasta ou message d'erreur

#Declaration des variables
my $line = '' ;
my $seq = '';
my $boutSeq = '';


while ($line =<FILE>) #Lecture de toutes les séquences contenues dans notre fichier Fasta
{
	chomp ($line);
	if ( $line =~ /^>/ )
	{
		print OUTFILE "$seq\n";
		print OUTFILE "$line\n";
		$seq='';
		$boutSeq='';
	}
	else
	{
		$boutSeq=$line;
		$seq=$seq.$boutSeq;
	}
}
print OUTFILE "$seq\n";

close (FILE);
close (OUTFILE);
