#!/usr/bin/perl -w

# usage : perl indexation.pl <FASTA ref file>
#sarah maman - 12 juillet 2012 - Mis en place pour indexer un genome de reference


use strict;
use File::Basename;

my $input_ref_genome = $ARGV[0];
my $output = $ARGV[1];
my $tailleFichier = (stat($input_ref_genome))[7];
#pour eviter que la commande ne fonctionne plus si le $PATH est perdu suite a un restart de galaxy
my $BWA = '/usr/local/bioinfo/bin/bwa';
my $cmd = '';
my ($nb) = ($output=~/galaxy_dataset_(\d+)\.\S+$/);
#Indexation du genome de reference (ne pas placer cette commande en background)
#si le genome de référence est gros , plus de 10 MB, alors indexer avec l'option -a bwtsw
#si le genome est petit, indexer avec -a is 


if ($tailleFichier > 10485760) {
        $cmd = "$BWA index -a bwtsw $input_ref_genome  >> /galaxydata/logs/sm_bwaindex_$nb.log 2>&1";
      }
if ($tailleFichier < 2147483648){
        $cmd = "$BWA index -a is $input_ref_genome  >> /galaxydata/logs/sm_bwaindex_$nb.log 2>&1";
      }
else {
       $cmd ="$BWA index $input_ref_genome  >> /galaxydata/logs/sm_bwaindex_$nb.log 2>&1";
     }
#print STDERR "$cmd\n";
       system $cmd;
if (! -e "$input_ref_genome.ann"){print STDERR "ANN FILE NOT FOUND\n";}
else {system ("cp -a $input_ref_genome.ann $output");}
#system ("bwa index -ca is $input_ref_genome > $output >> ./bwa.log 2>&1");

