#!/usr/bin/perl -w

# usage : perl fastqnr.pl
#sarah maman - 1 aout 2012 - Mis en place pour le traitement des mi-RNAs

use strict;
use File::Basename;

my $input = $ARGV[0];
my $output = $ARGV[1];

my $input_dir=dirname($input);
my $input_basename=basename($input,'.nr');
my $input_adapt="$input_dir/${input_basename}.nr";

#pour connaître le path vers le script fastqnr.pl
my $FASTQNR = '/usr/local/bioinfo/src/galaxy-dev/galaxy-dist/tools/sm_miRNA_qual/fastqnr.pl';
my $cmd = '';


$cmd = "($FASTQNR $input | sort -k1,1 > $input.nr) >& ./fastqnr.log 2>&1";
system $cmd;
#print "\n****FICHIER ENTREE*****\n";
#print "$input";
#print "\n****FICHIER SORTIE FATSQNR*****\n";
#print "$input.nr";
#print "\n***HEAD FICHIER SORTIE******\n";
#$cmd = "head -10 $input.nr";
#system $cmd;
#print "$cmd";
#print "\n*********\n";


if (! -e "$input.nr")
{
print STDERR "Echec lors du fastqnr\n";
}
else
{
$cmd = "(cp -a $input.nr $output) >& ./fastqbrcp.log 2>&1";
system $cmd;
}
