#!/usr/bin/perl -w

# usage : perl join.pl
#sarah maman - 1 aout 2012 - Mis en place pour le traitement des mi-RNAs

use strict;
use File::Basename;


my $output = $ARGV[0];
my $inputs = @ARGV;
#pour connaître le path du script join.pl
my $JOIN = '/usr/local/bioinfo/src/galaxy-dev/galaxy-dist/tools/sm_miRNA_qual/join.pl';
my $cmd = '';
my ($sec,$min,$hour,$mday,$mon,$year,$wday,$yday,$isdst) = localtime(time);
my $ALL =  $mday."-".($mon+1)."_".$hour."h".$min."mn".$sec."secMATRICE";


#print "\n ****** inputs : $inputs \n"; donne le nombre de fichiers entrants
#print "\n ****** @ de ARGV : @ARGV \n"; donne la liste des fichiers (nom complet avec extension)

#TEST
#$cmd = "ls @ARGV";
#system $cmd;
#print "\n ****COMMANDE**\n $cmd \n";


#$cmd = "($JOIN $inputs > $input.matrix) >& ./join.log 2>&1";
$cmd = "($JOIN @ARGV > $ALL.matrix) >& ./join.log 2>&1";
system $cmd;

if (! -e "$ALL.matrix")
{
print STDERR "Echec lors de la generation de la matrice (fichier au format matrix)\n";
}
else
{
$cmd = "(cp -a $ALL.matrix $output) >& ./joincp.log 2>&1";
system $cmd;
}
