#!/usr/bin/perl -w

# usage : convertir un fichier nr en fichier fasta
# Sarah Maman - 29/11/2012

use strict;

#fichier entrant au format nr
my $input_nr = $ARGV[0];
#fichier sortant au format fasta
my $output_fasta = $ARGV[1];
#Pour recuperer la date et l'heure
my ($sec,$min,$hour,$mday,$mon,$year,$wday,$yday,$isdst) = localtime(time); 
my $ALL =  $mday."-".($mon+1)."_".$hour."h".$min."mn".$sec."sec"; 
my $cmd ='';

  
#creer le fichier de sortie au format fasta
my $newfastafile = "fileWithoutIntra_".$ALL.".fasta";
	
open FILE,">$newfastafile";


#compter le nombre de ligne du fichier entrant
#open(F,$ARGV[0]) || die "pas de fichier entrant";
#my $i = 0;
#while(<F>)
#{
#    $i ++;
#}
#print "\nNombre de lignes : $i\n";



#lire les lignes du fichier fasta entrant
@ARGV = ("$input_nr");
while (my $lignenr = <>){
        my $seq = substr ($lignenr, 0, length($lignenr)-3);
        #print FILE ">seq", "\n", $lignenr;
	print FILE ">seq", "\n", $seq , "\n"; 	 	
}


if (! -e "fileWithoutIntra_".$ALL.".fasta") 
{ 
print STDERR "Echec lors de la generation du fichier fasta \n"; 
} 
else 
{ 
$cmd = "(cp -a \"fileWithoutIntra_".$ALL.".fasta\" $output_fasta) >& ./mv_nrtofasta.log 2>&1"; 
system $cmd; 
} 

close FILE || die "Problème à la fermeture du fichier fasta sortant";
#close F || die "Problème à la fermeture du fichier nr entrant";

