#!/usr/bin/perl -w

# usage : perl mi_RNA_qual.pl <FASTQ file> 
#sarah maman - 31 juillet 2012 - Mis en place pour le traitement des mi-RNA

use strict;
use File::Basename;

my $input = $ARGV[0];
my $output1 = $ARGV[1];
my $output2 = $ARGV[2];
#pour les options
my $flag1 = $ARGV[3];
my $flag2 = $ARGV[4];
my $mismatch = $ARGV[5];

#pour connaître le path du tool cuadapt, utiliser la commande which cutadapt
my $SAMTOOLS = '/usr/local/bioinfo/bin/samtools';
my $cmd = '';


#Premier fichier issu du filtre de l'alignement
$cmd = qq/($SAMTOOLS view $input | grep 'NM:i:[$mismatch]' | awk '\$2==$flag1||\$2==$flag2' | cut -f1,3 | sort -k1,1 > $input.filter1) >& filtrer_aln_fichier1.log 2>&1/;
system $cmd;

print("CMD : $cmd");

if (! -e "$input.filter1")
{
print STDERR "Echec lors de la generation du premier fichier de filtre des alignements. \n";
}
else
{
`(cp -a \"$input.filter1\" $output1) >& ./cp_filtrer_aln_fichier1.log 2>&1`
}

#Second fichier issu du filtre de l'alignement
$cmd = "(cut -f1 $input.filter1 > $input.filter2) >& filtrer_aln_fichier1.log 2>&1";
system $cmd;
#print ("****commande 2 : $cmd \n");

if (! -e "$input.filter2")
{
print STDERR "Echec lors de la generation du second fichier de filtre des alignements. \n";
}
else
{
`(cp -a \"$input.filter2\" $output2) >& ./cp_filtrer_aln_fichier2.log 2>&1`
}