#!/usr/bin/perl -w

# usage : convertir un fichier nr en fichier fasta
# Sarah Maman - 29/11/2012

use strict;

#fichier entrant au format nr
my $input_nr = $ARGV[0];
#fichier sortant au format fasta
my $output_fasta = $ARGV[1];
#Pour recuperer la date et l'heure
my ($sec,$min,$hour,$mday,$mon,$year,$wday,$yday,$isdst) = localtime(time); 
my $ALL =  $mday."-".($mon+1)."_".$hour."h".$min."mn".$sec."sec"; 
my $cmd ='';

  
#creer le fichier de sortie au format fasta
my $newfastafile = "fileWithoutIntra_".$ALL.".fasta";
open FASTA,">$newfastafile";

my @line;
open FILE,$input_nr;
while(<FILE>){
	chomp;
	@line=split(/\t/,$_);
	my $sequence=$line[0];
	my $nb_seq=$line[1];
	my @seq = ">seqx".$nb_seq."\n".$sequence."\n";
	print FASTA @seq;
}
close FILE;
close FASTA;


#Recuperer le fasta dans Galaxy
if (! -e "fileWithoutIntra_".$ALL.".fasta"){print STDERR "Pas de fichier fasta produit \n";}
else {$cmd = "(cp -a \"fileWithoutIntra_".$ALL.".fasta\" $output_fasta) >& ./cp_nr_to_fasta.log 2>&1";
system $cmd;}

