#!/usr/bin/perl -w

# usage : perl sm_mothur_preprocess_1_myseq.pl <input FASTA> <input config txt>
# 02/08/2013 - Wrapper dans le cadre du projet 16S (pour Maria B.)

use strict;
use File::Basename;
    
my $input_fasta_path    = $ARGV[0]; #/work/smaman/projet/*fastq


#my $path= dirname($input_fasta);
#my ($nb) = ($output_html=~/galaxy_dataset_(\d+)\.\S+$/);
my $nb = "RepGalaxyW";

my $cmdLNS = '';
#Repertoire de sortie cree par le script, verif des droits d'ecriture sur ce repertoire de sortie
`cd /work/galaxy/workspace/; mkdir $nb/; chmod 777 $nb/`;
my $dirresults= "/work/galaxy/workspace/".$nb;

#Creation des liens symboliques
$cmdLNS = "ln -s $input_fasta_path/*fastq /work/galaxy/workspace/$nb/. >& ./mothur_lns.log 2>&1";
system $cmdLNS;

#Info pour les biologistes
print STDOUT "Creation des liens symboliques : \n\n $cmdLNS \n\n ";
