#!/usr/bin/perl -w # usage : perl sm_mothur_align_2.pl # 02/08/2013 - Wrapper dans le cadre du projet 16S (pour Maria B.) use strict; use File::Basename; #les inputs names et groups se transforment en un seul input count table de l'étape précédente #ajout de 4 options : #- séquence du primer forward ciblant la région 16 S d'intérêt #- séquence du primer reverse ciblant la région 16 S d'intérêt #- fichier des taxonomies correspondant au fichier d'alignements de référence (on utilisait ce fichier en étape 3 seulement précédemment) #- min_len nombre minimum de bases alignées (je l'avais mis en dure dans le code à 200) #/save/sigenae/bin/Galaxy/2_align_mothur1.0.sh INPUT_FASTA INPUT_COUNT OUT_DIR PRIMER_FWD PRIMER_RV REF_FASTA REF_TAX MIN_LEN #INPUT_FASTA et INPUt_COUNT sont les sorties du module 1 my $input_fasta = $ARGV[0]; my $input_count_table = $ARGV[1]; my $input_ref = $ARGV[2]; my $PRIMER_FWD = $ARGV[3];#- séquence du primer forward ciblant la région 16 S d'intérêt my $PRIMER_RV = $ARGV[4];#- séquence du primer reverse ciblant la région 16 S d'intérêt my $REF_TAX = $ARGV[5];#- fichier des taxonomies correspondant au fichier d'alignements de référence (on utilisait ce fichier en étape 3 seulement précédemment) my $MIN_LEN = $ARGV[6];#- min_len nombre minimum de bases alignées (je l'avais mis en dure dans le code à 200) my $output_html = $ARGV[7]; my $output_all_final_fasta = $ARGV[8]; my $output_final_aln_count_table = $ARGV[9]; #final.aln.count_table #my $MOTHUR2 = '/save/galaxy/scripts/sm_mothur/2_align_mothur1.0.sh'; my $MOTHUR2 = '/usr/local/bioinfo/src/galaxy-dev/galaxy-dist/tools/sm_mothur/bin/2_align_mothur1.0.sh'; my $cmd = ''; my $cmd1 = ''; my $cmd2 = ''; #my $path= dirname($input_fasta); my $path= "/galaxydata/database/files/workspace/"; my ($nb) = ($output_html=~/galaxy_dataset_(\d+)\.\S+$/); #Repertoire de sortie cree par le script, verif des droits d'ecriture sur ce repertoire de sortie `mkdir $path/$nb/; chmod 777 $path/$nb/`; my $dirresults= $path."/".$nb; print STDOUT "Votre repertoire de travail : $dirresults \n"; #convert count_table en dos to unix my $cmdconvert =''; $cmdconvert = "(/usr/bin/dos2unix $input_count_table ;) >& ./dos2unix.log 2>&1"; system $cmdconvert; #Modification de l extension des inputs $cmd1 = "ln -s $input_fasta $dirresults/all.trim.unique.fasta; ln -s $input_count_table $dirresults/all.trim.unique.count_table; ln -s $input_ref $dirresults/ref.fasta; ln -s $REF_TAX $dirresults/ref.tax;"; system $cmd1; print STDOUT "Step 1 - Recuperation des fichiers d entree : \n\n $cmd1 \n\n "; #mkdir /usr/local/bioinfo/src/galaxy/galaxy-dist/tools/sm_mothur/MOTHUR2; chmod 777 /usr/local/bioinfo/src/galaxy/galaxy-dist/tools/sm_mothur/MOTHUR2; cd /usr/local/bioinfo/src/galaxy/galaxy-dist/tools/sm_mothur/MOTHUR2; /home/sigenae/bin/Galaxy/r454_diversity_Galaxy/2_align_mothur1.0.sh /usr/local/bioinfo/src/galaxy/galaxy-dist/tools/sm_mothur/tests2/TATA/TATA/all.trim.unique.fasta /usr/local/bioinfo/src/galaxy/galaxy-dist/tools/sm_mothur/tests2/TATA/TATA/all.trim.names /usr/local/bioinfo/src/galaxy/galaxy-dist/tools/sm_mothur/tests2/TATA/TATA/all.groups /usr/local/bioinfo/src/galaxy/galaxy-dist/tools/sm_mothur/MOTHUR2 /usr/local/bioinfo/src/galaxy/galaxy-dist/tools/sm_mothur/silva.bacteria/silva.bacteria.fasta #2_align_mothur1.0.sh path_INPUT_FASTA path_INPUT_NAMES path_INPUT_GROUPS path_to_OUTDIR path_DB_REF MIN_LEN #TESTS commande : perl sm_mothur_align_2.pl /usr/local/bioinfo/src/galaxy/galaxy-dist/tools/sm_mothur/tests2/TATA/TATA/all.trim.unique.fasta /usr/local/bioinfo/src/galaxy/galaxy-dist/tools/sm_mothur/tests2/TATA/TATA/all.trim.names /usr/local/bioinfo/src/galaxy/galaxy-dist/tools/sm_mothur/tests2/TATA/TATA/all.groups /usr/local/bioinfo/src/galaxy/galaxy-dist/tools/sm_mothur/silva.bacteria/silva.bacteria.fasta out_galaxy_dataset_1234.dathtml outfasta outnames outgroups #attention, rechercher les resultats dans /usr/local/bioinfo/src/galaxy/galaxy-dist/tools/sm_mothur/tests2/TATA/TATA/1234 #perl sm_mothur_align_2.pl /usr/local/bioinfo/src/galaxy/galaxy-dist/tools/sm_mothur/tests2/TATA/TATA/all.trim.unique.fasta /usr/local/bioinfo/src/galaxy/galaxy-dist/tools/sm_mothur/tests2/TATA/TATA/all.trim.names /usr/local/bioinfo/src/galaxy/galaxy-dist/tools/sm_mothur/tests2/TATA/TATA/all.groups /usr/local/bioinfo/src/galaxy/galaxy-dist/tools/sm_mothur/silva.bacteria/silva.bacteria.fasta out_galaxy_dataset_123456789.dathtml outfasta outnames outgroups #$cmd = "(cd $dirresults; $MOTHUR2 ${input_fasta}.fasta $input_names $input_groups $dirresults ${input_ref}.fasta) >& ./mothur2.log 2>&1"; $cmd = "(cd $dirresults; $MOTHUR2 $dirresults/all.trim.unique.fasta $dirresults/all.trim.unique.count_table $dirresults $PRIMER_FWD $PRIMER_RV $dirresults/ref.fasta $dirresults/ref.tax $MIN_LEN) >& ./mothur2.log 2>&1"; #pour les tests sur la vm car maria fait des liens symboliques et il ne faut pas changer les noms #cette ligne de ccde est OK mais les fichiers galaxy etant renommes et extension aussi, ca ne marchera pas via l interface #$cmd = "(cd $dirresults; $MOTHUR2 $input_fasta $input_names $input_groups $dirresults $input_ref) >& ./mothur2.log 2>&1"; system $cmd; #Info pour les biologistes print STDOUT "Step 2 - Alignement Mothur : \n\n $cmd \n\n "; #Suppression des fichiers inutiles #$cmd2 = "rm $dirresults/*mothur*; rm $dirresults/all.trim.*; rm $dirresults/all.filter; rm $dirresults/all.good.groups*; rm $dirresults/*.pdf; rm $dirresults/*ref*;rm $dirresults/all.groups ; "; #system $cmd2; #Recuperation des fichiers par Galaxy if (! -e "$dirresults/final.aln.fasta"){print STDERR "all.final.fasta file not found. \n";}else{`cp -a $dirresults/final.aln.fasta $output_all_final_fasta`;} if (! -e "$dirresults/final.aln.count_table"){print STDERR "final.aln.count_table file not found. \n";}else{`cp -a $dirresults/final.aln.count_table $output_final_aln_count_table`;} if (! -e "$dirresults/bilan.html"){print STDERR "bilan html file not found. \n";}else{`cp -a $dirresults/bilan.html $output_html`;}