#!/usr/bin/perl -w

# usage : perl sm_matrice_phylofish.pl <x files>
# 02/08/2013 - Wrapper dans le cadre du projet Phylofish (Contact : Jerome Monfort)

use strict;
use File::Basename;
my $output_matrice        = $ARGV[0];
my $inputs                = @ARGV[1..$#ARGV];

my $file1 = $ARGV[1];

my $path = dirname($inputs);
my $nb = ($output_matrice=~/galaxy_dataset_(\d+)\.\S+$/);
#my $MATRICE = '/usr/local/bioinfo/src/galaxy/galaxy-dist/tools/sm_phylofish/extractCol.pl';
my $cmd = '';
my ($sec,$min,$hour,$mday,$mon,$year,$wday,$yday,$isdst) = localtime(time); 
my $ALL =  $mday."-".($mon+1)."_".$hour."h".$min."mn".$sec."phylofish".$nb; 

#placer le fichier finalFile.txt dans un repertoire de sortie unique
#`cd $path; mkdir PhyloFish_$ALL;cd $path/PhyloFish_$ALL/;`;


#generation de la matrice
my $matrice = "matricePhylofish_".$ALL.".txt";
open MATRICE,">$matrice";
open (FILE1,"$file1") or die "Can't open input file 1\n";            
				

        foreach my $file (@ARGV[1..$#ARGV]){
	open (FILE,"$file") or die "Can't open input file \n";

                while (my $l=<FILE1>){#recuperation des titres (une seule fois)
			chomp $l;
			my @F=split(/\t/,$l);
			printf MATRICE "\n$F[0]\t";

		while (my $l=<FILE>){#recuperation des 3iemes colonnes
			chomp $l;
			my @F=split(/\t/,$l);
		        printf MATRICE "\n$F[2]\t";
		}}
}
	




#Info pour les biologistes
print STDOUT "Generation de la matrice finale de comptage. \n\n ";

close (MATRICE);
close (FILE);
close (FILE1);
####################################################################################
#									           #			
#		GALAXY OUTPUT         						   #
#                                                                                  #
####################################################################################
# Recuperation du fichier sortant de statistiques
#if (! -e "$path/PhyloFish_$ALL/matricePhylofish_$ALL.txt"){print STDERR "Echec lors de la creation de la matrice. \n";}
#else {`cp -a "$path/PhyloFish_$ALL/matricePhylofish_$ALL.txt" $output_matrice`;}
if (! -e "matricePhylofish_$ALL.txt"){print STDERR "Echec lors de la creation de la matrice. \n";}
else {`cp -a "matricePhylofish_$ALL.txt" $output_matrice`;}
