#!/usr/bin/perl -w 
# usage : perl save files

use strict; 
use File::Basename; 

my $input_seq  = $ARGV[0];
my $fastq_name =  $ARGV[1];
my $count      = $ARGV[2]; 

#initialisation des variables 
my $nb_N;
my $nb_Ns; 
my $nb_seq;
my $cmd = '';
my $expression = "^[ACTGN]+$";
my $perl_cmd = '{$_=~s/[ATCG]//g; print length($_);}' ;

if (! -e "$input_seq") {print STDERR "le fichier fastq n a pas ete trouve\n"; } 
else { 
$nb_seq = `grep -c "^@[SE]" $input_seq`;
$nb_N = `egrep $expression $input_seq | grep -c 'N'`;
$nb_Ns = `egrep $expression $input_seq | perl -lne $perl_cmd | sort -n | uniq -c`;
}

#creation d'un fichier html
open (HTML, ">", "results.html") or die "Cannot create results.html";

print HTML ("<br><br><br><br><br><br>");
print HTML "Nombre de lectures pour le jeu $fastq_name ($input_seq)                                          : $nb_seq \n";
print HTML ("<br><br>");
print HTML "Nombre de lectures contenant un ou plusieurs N pour le jeu $fastq_name ($input_seq)              : $nb_N \n";
print HTML ("<br><br>");
print HTML "Nombre de lectures contenant contenant zéro, un, deux ... N pour le jeu $fastq_name ($input_seq) : $nb_Ns \n";
print HTML ("<br><br>");

print HTML ("<br><br>");


if (! -e "results.html"){print STDERR "Pas de fichier html produit \n";}
else {$cmd = "(mv results.html $count) >& ./cp_out_save.log 2>&1";
system $cmd;}


close( HTML );
 
