#!/usr/bin/perl -w 
# usage : perl save files

use strict; 
use File::Basename; 

my $URL                 = $ARGV[0]; 
my $username            = $ARGV[1]; 
my $repertoire          = $ARGV[2]; 
my $newFileName         = $ARGV[3]; 
my $out                 = $ARGV[4]; 
my $cmd                 = ''; 
my $cmd2                = '';
 
#correction de l'URL
my $urlini =  "Xsigenae";
my $replace =  "~sigenae";

$URL=~ s/$urlini/$replace/;


#Dans le cas où le fichier est recupere via une adresse URL
if (! -e "/work/$username/galaxy-dev/$repertoire/"){`mkdir /work/$username/galaxy-dev/$repertoire/`;} 
$cmd = "(cd /work/$username/galaxy-dev/$repertoire/; chmod a+w /work/$username/galaxy-dev/$repertoire/; wget \"$URL\" -O $newFileName; chmod a+w /work/$username/galaxy-dev/$repertoire/$newFileName;chmod a+r /work/$username/galaxy-dev/$repertoire/$newFileName;) >& ./cp1_out_save.log 2>&1";
system $cmd;
print STDOUT $cmd;


#creation d'un fichier html
open (HTML, ">", "results.html") or die "Cannot create results.html";
print HTML ("<br><br><br><br><br><br>");
print HTML "Bonjour $username,";
print HTML ("<br><br>");
print HTML "Vous avez créé un répertoire $repertoire dans votre répertoire galaxy-dev/ présent par défaut dans votre work : /work/$username/galaxy-dev/ (avec la commande mkdir /work/$username/galaxy-dev/$repertoire/).\n";
print HTML ("<br><br>");
print HTML "Puis vous avez donné les droit d'exécution sur le répertoire nouvellement créé $repertoire avant de récupérer le fichier $newFileName via l'URL grâce à une commande wget (avec la commande wget $URL -O $newFileName)\n";
print HTML ("<br><br>");
print HTML "Pour information, voici la liste de vos fichiers et repertoires contenus dans votre /work :$cmd2)\n";
print HTML ("<br><br>");
	

#Recuperation du rapport html dans Galaxy
if (! -e "results.html"){print STDERR "Pas de fichier html produit \n";}
else {$cmd = "(mv results.html $out) >& ./cp_out_save.log 2>&1";
system $cmd;}
close( HTML );
